در میان فرزندان آیتالله شهید سیدعلی خامنهای، سیدمصطفی بهعنوان فرزند ارشد و هدی بهعنوان کوچکترین فرزند شناخته میشوند؛ هدی خامنهای در سال ۱۳۶۰ متولد شده است.
به نقل از هدی خامنهای کوچکترین فرزند خانواده آیتالله شهید سیدعلی خامنهای است. ایشان در سال ۱۳۶۰ متولد شد و پس از ازدواج با شهید مصباحالهدی باقریکنی، عروس خانواده باقریکنی شد. همسر ایشان فرزند آیتالله محمدباقر باقریکنی، عضو سابق مجلس خبرگان رهبری و سرپرست پیشین دانشگاه امام صادق(ع)، بود و نسبت برادری با علی باقریکنی، رئیس پیشین تیم مذاکرهکننده هستهای ایران و معاون فعلی دبیر شورای عالی امنیت ملی داشت. این ازدواج یکی از مهمترین پیوندهای خانوادگی خاندان خامنهای با خانوادههای شناختهشده حوزوی و سیاسی کشور محسوب میشود. مصباحالهدی باقریکنی نیز در حمله ۹ اسفند به شهادت رسیدند.
بزرگترین فرزند رهبر شهید نیز سید مصطفی متولد 1344 در مشهد است که در سال 1371 با دختر آیت الله خوشوقت ازدواج کردند.آیت الله مروی ، تولیت استان قدس رضوی در سال 1390 در گفت و گویی با خبرگزاری حوزه درباره ایشان گفته است:«آقازاده ها در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همکاری دارند والاّ هیچ کدام از آقازاده ها مسئولیتی ندارند. جایی هم مشغول نیستند. ممحّض در درس و کار طلبگی هستند. درس می خوانند و انصافاً هم درسشان خیلی خوب است. خیلی خوب پیشرفت کرده اند. خود آقا مصطفی که الان سطوح عالیه را در قم تدریس می کنند. ایشان مکاسب و کفایه در قم تدریس می کنند».